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(1)软下疳：初期为丘疹、脓疱，然后出现多发性溃疡，基底软，呈颗粒状的肉芽组织，有灰黄色的脓性分泌物，边缘部整齐，呈潜蚀性，周围有炎性红晕，疼痛严重，腹股沟痛性横痃，破溃后呈鱼口状。对器官有破坏性。
(2)梅毒硬下疳：潜伏期3~4周，为单发无痛性硬结，可形成溃疡，分泌物少，涂片暗视野检查可见梅毒螺旋体。不经治疗数周后亦可自行消退，1—2个月后梅毒血清反应阳性。
(3)尖锐湿疣：肛周的腹股沟肉芽肿常误诊为晚期尖锐湿疣，组织印片查到杜诺凡小体可以确诊。
(4)皮肤结核：腹股沟瘰疬性皮肤结核可出现瘘管和溃疡，瘘管固定在下面的淋巴结上，淋巴结触之似高低不平的肿块。腹股沟的疣状皮肤结核易与肥大型腹股沟肉芽肿混淆，此病较少见。组织病理活检可以鉴别。
(5)皮肤阿米巴病：溃疡边缘潜行，肉芽增生不明显，可检到阿米巴虫，无杜诺凡小体。
(6)丝虫病：丝虫病后期可发生生殖器象皮肿，但无生殖器溃疡史，发病初期有发热和阴囊肿胀，晚间取外周血可找到微丝蚴。
此外，有时还需与深部真菌病、嗜酸细胞性肉芽肿、化脓性汗腺炎、坏疽性脓皮病以及Queyrat增殖性红斑等鉴别。
